1. 月薪
在日本传统的工资制度中，工资中除了基本工资以外，还包括上下班交通补助、职务津贴、资格津贴、住房补助、家属补助、午餐补助等各种津贴。而外国企业，一般来说是先确定好年收入，然后将其分割成12个月份，以计算出月薪。
2. 奖金
在日本，一般是６月和12月，分别支付一次基本工资的１～３个月的半年奖金。外国企业对日本职员则是将年收入分割为14～16个月份，然后将其２～４个月份作为半年的奖金。
还有，有的公司在固定季节奖金上，按个人的工作成绩还支付特别奖金等。
工资所得税，按月薪与奖金等的全年总额来进行征税。
3. 退职津贴
职员辞去公司工作时，公司将支付退职津贴。退职金额，一般根据受雇时间和月薪来决定。
4. 招聘费用
公司在雇用职员之际，须要把社会保险中业主负担的部分作为人事费来考虑。现行方法是支付报酬额的约14.8%由业主负担。
5. 年末调整
工资、薪金所得者根据税额表（工资、薪金所得的代扣代缴所得税额表）从每个月的工薪中被代扣代缴个人所得税。并且，奖金所得税将以上月工资为基准确定税率，被代扣代缴税金。业主有义务在支付了工薪等所得之月的下月10号之前将代扣代缴的所得税缴纳到管辖所在地的税务署。年末调整，就是计算工薪等所得者一年应缴纳的正确的总税额，每年用12月份的工薪进行结算，多退少补。办理这一手续，也是业主作为代扣代缴义务人应负的义务。
为了按照实际情况办理代扣代缴手续，工薪等所得者必须在每年领取最初的工资之前，提交「扶养扣除等的申报单」。
但是，工薪等所得者一年的工资收入超过2000万日元时，不进行年末调整，而是在第二年的３月15日以前进行个人所得税的确定申报，结算一年的税额。
6. 个人居民税
个人居民税为地方税，是对个人征收的都道府县民税和市町村民税的总称。每年１月１日，向居住在日本的人征收的税金。与所得税不同，个人居民税是根据前一年的收入来进行征收的。
支付工资的人，并且有征收源泉所得税义务的人，在１月31日以前，必须提交前一年中记载工资金额及其他事项的报告（工资支付报告）。
居民税与所得税不同，由于领取工薪等的时期与交纳时期之间不一致，即使失业而没有收入，也必须缴纳居民税。
7. 经济性利益
(1) 法定房租
作为附加补贴，很多公司为员工和公司董事提供住房。原则上，这些经济性利益属于个人的应征税收入。但是，员工和公司董事负担了适当的房租（法定房租）的时候，剩余的经济性利益（市场价值与法定房租的差额）满足一定的条件时，可视为非应征税收入处理。为了能享受税务上的这项优惠政策，必须由雇主（公司）与房东直接签订住房的租借合同。关于员工或公司董事与房东签订租借合同的住房，公司直接支付房租补助给员工或董事时，该房租补贴将全部作为工资收入被要求缴纳个人所得税。
接受住房提供的受益者，会因其是公司的员工还是董事而使得他们所负担的法定房租有所不同。
(2) 水电煤气费
员工或公司董事使用公司名义借用的住房,公司负担其水电煤气费时，公司所负担费用被视为工资收入而被要求缴纳个人所得税。如果与公司约定由公司负担借用的公司住房的水电煤气费，且不让个人负担个人所得税的时候,公司需同时支付水电煤气费和个人所应负担的所得税。
(3) 个人负担的社会保险费
员工或公司董事应负担的社会保险费没有从个人工资中扣除，而是由公司负担的时候，这些公司负担的社会保险费将被视为工资收入而被要求缴纳个人所得税。
此时，如果与上面的第（2）款相同，与公司约定不让个人负担社会保险费和个人所得税时, 公司将支付这些保险费和由此发生的个人所得税。
(4) 税金负担
为了保证缴纳税金后的实际收入保持不变，由公司负担本来应由员工和公司董事负担的个人所得税及居民税时，这些公司负担的税金将被视为支付给该员工和公司董事个人的工资收入而被要求缴纳个人所得税。同样，如果与公司约定不让个人负担这些个人所得税时，公司将负担这些税金。
(5) 临时回国的旅行费用（探亲假）
公司负担了员工和公司董事的个人旅行的费用时，原则上作为工资收入被要求缴纳个人所得税。关于国外母公司派来的外国员工（Expatriate）的回国休假，公司负担其回国费用时，大体上每1年休一次的回国休假中，采用回本国时必要的、最经济合理的旅行线路及方法时所使用的旅行费用，将不被要求缴纳个人所得税。
(6)语言进修费用
公司负担外国员工为了掌握与业务相关的必要的日语商务会话，及抚养的在日本的配偶者，因为工作上的需要，掌握日常生活最低限度的必要的日语日常会话而发生的学费时，这些学费并不被要求缴纳个人所得税。
(7) 子女的学费
公司负担在日本一起居住的外国员工的子女的学费时，该经济性利益将作为工资收入被要求缴纳个人所得税。但是，对于通过所谓奖学金计划制度认证的学校，公司以按照该制度免除外国员工应支付的学费为目的，向学校捐款时，对该免除所引发的经济性利益可不视为工资收入而被要求缴纳个人所得税。而且该捐款在公司申报法人税时，可视为公司纳税所得的控除项目。
8. 休假
(1) 年度带薪休假
劳动基准法规定，对于连续工作6个月以上，出勤日达到规定工作日的80%以上的雇员，每年要付与10天的带薪假期。
除了带薪休假外，还提供夏季特别休假的公司开始增加。关于天数，因公司的规模和行业而各有不同。虽然给予职工夏季休假的公司有增加的倾向，但是，在日本的企业里，给予职工１个月休假的公司，还并不是很普遍的。
(2) 特别休假
作为向职员提供的社会福利、卫生福利的一部分，几乎所有的日本企业都规定了在职工的个人生活中出现特殊情况（婚庆丧葬）时，付与特别假期和特别补贴。
9. 就业规则
根据劳动基准法，经常雇用10人以上职工的企业，有义务制定就业规则，并上报劳动基准监督署。还有，在制定就业规则时，必须征求劳动方的意见。变更就业规则时，也必须按同样的办法进行。
虽然没有强制要求雇用职工未满10人的企业负有上报就业规则的义务，不过为了确立劳资双方在工作环境中的相互理解，建议这样的企业要规定基本规则。
就业规则规定的标准事项如下∶
- 总则
- 服务纪律
- 录用、人事调动及试用
- 工作时间、休假及假日
- 加班时间及节假日加班
- 工资、奖金及津贴
- 休假、退职及解雇（也包括解雇事由）
- 安全卫生
- 表彰及处分
- 其他
10. 董事和监察人的报酬、董事和监察人的奖金及董事和监察人的退职金
在现行的日本法律制度上，关于董事和监察人的不正当的高额报酬和董事和监察人的退职金及董事和监察人的奖金的全部金额，并不被认作是费用（在满足一定条件时，董事和监察人的奖金可算入法人税上的费用）。因此，董事和监察人的报酬要事先慎重决定。为了节约法人税，有必要每月向董事和监察人定期支付平均报酬。事先决定董事和监察人报酬的支付时间和金额并提出申报，在税务和法人税法方面都可以作为经费。详情请咨询税务专家。